图书介绍
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- 蔡大伟主编 著
- 出版社： 北京：科学出版社
- ISBN：9787030234049
- 出版时间：2008
- 标注页数：249页
- 文件大小：44MB
- 文件页数：264页
- 主题词：分子－考古学
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图书目录
绪论1
一、什么是分子考古学？1
二、分子考古的主要研究内容1
1．研究人类的起源与迁徙1
2．古代动植物的驯化2
3．古人的个体识别、群体遗传关系及族属鉴定2
4．古人与生活环境的关系3
5．古病理研究4
三、分子考古学理论基础与研究方法4
四、什么是古DNA，有何特点？6
五、古DNA分子保存年限9
六、古代DNA研究的历史与现状12
第一篇 生物学基础21
第1章 生物大分子21
1.1 蛋白质21
1.1.1 肽键23
1.1.2 蛋白质的结构与功能23
1.1.3 同源蛋白质24
1.2 核酸25
1.2.1 碱基、核苷、核苷酸26
1.2.2 核酸的紫外吸收30
1.2.3 核酸的变性、复性与杂交30
第2章 基因与基因组32
2.1 基因的定义33
2.2 基因组定义33
2.3 半保留半不连续复制机制33
2.4 基因的突变、损伤与修复34
2.5 基因重组35
2.6 基因转录35
2.7 遗传密码36
2.8 蛋白质的生物合成38
第3章 基因组演化与物种分类40
3.1 细胞的形成40
3.2 从单细胞生物到多细胞生物42
3.3 病毒基因组42
3.4 原核生物染色体结构43
3.5 真核生物的染色体结构44
3.6 人类基因组45
3.7 基因组进化模式46
3.8 物种的分类49
3.9 分子系统树50
第4章 遗传多态性标记52
4.1 遗传多态性标记的分类52
4.1.1 形态、生理标记52
4.1.2 染色体标记53
4.1.3 血型和蛋白质标记53
4.1.4 DNA标记53
4.2 DNA多态性研究53
4.2.1 DNA多态性形成机制53
4.2.2 DNA标记的分类54
4.2.3 人类DNA多态性研究的历史和现状56
4.3 mtDNA遗传多态性标记57
4.3.1 mtDNA遗传系统的特点59
4.3.2 mtDNA多态性检测方法59
4.3.3 mtDNA多态性研究在人类进化上的应用60
4.3.3.1 非洲人群的迁移和mtDNA变异61
4.3.3.2 欧洲人群的迁移和mtDNA变异63
4.3.3.3 亚洲人群的迁移和mtDNA变异64
4.4 Y染色体遗传标记67
4.4.1 Y染色体结构67
4.4.2 Y染色体遗传系统的特点68
4.4.3 Y染色体变异形式69
4.4.4 Y染色体多态性检测方法70
4.4.5 单核苷酸多态位点变异在人类进化中的应用70
第二篇 古DNA应用实例85
第5章 人类古DNA研究应用85
5.1 古DNA在人类起源研究中的应用85
5.2 古DNA在人群水平上的应用98
5.2.1 欧洲人群研究98
5.2.2 新疆地区人群研究99
5.2.3 中国北方地区古代人群研究101
5.3 古DNA在家庭或家族水平的应用103
5.4 古DNA在个体水平的应用104
5.4.1 性别鉴定104
5.4.2 个体身份识别105
5.5 古DNA在古病理学的应用110
第6章 古DNA与家养动物起源研究116
6.1 家养动物起源研究的研究方法116
6.1.1 考古调查116
6.1.2 分子生物学分析118
6.2 家猪的起源研究118
6.3 狗的起源研究121
6.4 黄牛的起源研究122
6.5 绵羊的起源研究126
6.6 山羊的起源研究128
6.7 家马的起源研究131
第7章 植物古DNA研究应用138
7.1 小麦古DNA研究应用138
7.2 玉米古DNA研究应用140
7.3 稻古DNA研究应用141
7.4 高粱古DNA研究应用142
7.5 其他植物遗存古DNA研究应用142
7.6 植物化石古DNA研究应用143
7.7 冰芯中植物古DNA研究应用146
第三篇 古DNA的研究方法153
第8章 古DNA研究流程153
8.1 古DNA实验技术流程153
8.1.1 考古发掘人员样本采集153
8.1.2 样本评估154
8.1.3 样本处理156
8.1.4 DNA提取157
8.1.5 PCR扩增158
8.1.5.1 PCR技术的基本原理158
8.1.5.2 PCR反应5要素160
8.1.5.3 PCR系统中的其他成分161
8.1.5.4 PCR反应参数162
8.1.6 PCR产物检测163
8.1.7 PCR产物纯化165
8.1.8 测序166
8.2 古DNA序列的真实性168
8.2.1 污染来源169
8.2.2 污染的控制170
8.2.3 污染的识别172
8.2.4 甄别古DNA的标准172
8.3 古DNA研究中的新进展173
8.3.1 荧光实时定量PCR174
8.3.2 扩增产物长度多态性174
8.3.3 嘧啶N糖基化酶175
8.3.4 焦磷酸测序技术176
8.3.5 多重PCR177
第9章 古DNA数据分析181
9.1 系统发育分析181
9.1.1 系统发育树181
9.1.2 序列比对与排序184
9.1.3 系统发育树的重建184
9.1.3.1 距离法185
9.1.3.2 简约法188
9.1.3.3 似然法189
9.1.3.4 进化树搜索190
9.1.3.5 系统树树根的确定191
9.1.3.6 其他构树方法191
9.1.3.7 不同构树方法的评估和比较192
9.1.3.8 系统发育树的检验194
9.2 遗传多维尺度分析195
9.3 主成分分析196
9.4 群体遗传学分析197
9.4.1 群体遗传多样性指度分析197
9.4.2 核苷酸配对差异分析与中性检验198
9.4.3 分子差异分析198
9.4.4 基因混合度计算199
第10章 古DNA研究常用软件202
10.1 引物设计202
10.1.1 引物设计原则202
10.1.2 Primer Premier软件203
10.2 从测序图谱到DNA序列——Chromas软件的应用206
10.2.1 文件输入及导出207
10.2.2 图谱的编辑及序列查找207
10.3 序列检索208
10.3.1 相似性检索209
10.3.2 相关序列的下载210
10.4 DNA序列的比对及排序——Clustal软件的应用214
10.4.1 序列输入214
10.4.2 编辑比对序列214
10.4.3 多重序列比对215
10.4.4 构建系统树216
10.5 分子系统树的构建及检验与Phylip软件包的使用216
10.5.1 Phylip软件包输入数据的格式218
10.5.2 用Phylip软件包构建系统发育树219
10.6 Mega软件包在分子系统学中的应用222
10.6.1 Mega数据的输入223
10.6.2 数据文件的导入224
10.6.3 序列特殊信息的浏览和输出224
10.6.4 序列的分组226
10.6.5 序列的组成成分统计226
10.6.6 遗传距离的计算227
10.6.7 系统发育树的构建及检验230
10.6.8 多重序列比对232
10.7 Arlequin软件包在分子系统学中的应用233
10.7.1 Arlequin软件包输入数据的格式233
10.7.2 Arlequin软件包操作界面简介及数据输入233
10.7.3 遗传多样度指数菜单235
10.7.4 中性检验菜单237
10.7.5 遗传结构分析菜单237
10.8 Network软件与中介网络图的构建238
10.8.1 Network软件输入数据及其格式239
10.8.2 中介网络图的构建240
10.8.3 绘制中介网络图241
10.8.4 Network软件操作技巧242
10.9 SPSS软件与遗传多维尺度分析及主成分分析242
10.9.1 SPSS数据输入243
10.9.2 SPSS与遗传多维尺度分析244
10.9.3 SPSS与主成分分析247