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第一章 医学生物信息学1

第一节 医学生物信息学的基本概念1

一、生物信息学1

目录1

二、医学生物信息学2

第二节 数据库的建立和发展4

一、基本概念4

二、医学生物学数据库的现状与发展5

第三节 网络上的医学信息资源13

一、网络上的临床医学资源13

二、网络中的基础医学资源14

三、网络中的传统医学资源15

四、网络中的医学文献资源15

五、网络中的医学教育资源16

六、网络中的医学新闻资源16

第四节 因特网和WWW17

一、因特网17

七、主要卫生机构17

二、WWW19

三、一些概念20

四、因特网和WWW等医学生物学21

第五节 医学生物信息网站的建立和发展23

一、医学生物信息网站的建立23

二、医学生物信息网面临的任务及难点25

三、医学生物信息网站的评估和发展27

一、数据来源30

第一节 DBCAT——生物学数据库目录30

第二章综合数据库30

二、数据库结构31

第二节 分子生物学相关数据库集锦32

第三节 MedWebPlus——医疗卫生相关资源集锦52

一、历史52

二、数据库内容结构53

三、使用方法54

第四节 NCBI资源数据库54

一、数据库检索工具56

二、基因序列资源59

三、染色体序列资源62

四、基因组分析的资源64

五、基因表达模式和表型模式的分析资源66

第三章 常用核酸类数据库69

第一节 通用核苷酸序列数据库69

一、GenBank——NCBI核苷酸序列数据库69

二、EMBL——欧洲核苷酸序列数据库76

三、DDBJ——日本DNA数据库80

四、TIGR——表达基因序列标签数据库84

五、MIPS——慕尼黑基因组及蛋白序列数据库88

第二节 外显子／内含子数据库93

一、EID——外显子／内含子数据库93

二、ExInt——外显子／内含子数据库95

第三节 基因表达及表达调控数据库100

一、EPD——真核基因启动子数据库100

二、ASDB——基因选择性剪接数据库102

三、TRRD——转录调控区数据库103

四、TRANSFAC——基因表达调控系统数据库107

五、PEDB——前列腺基因表达数据库112

六、MAGEST——海鞘类生物基因表达模式及序列标记数据库114

第四节 RNA相关数据库118

一、Transterm——mRNA序列和翻译调控元件数据库118

二、UTRdb——真核生物mRNA 5′和3′端非翻译区序列和功能元件数据库121

三、核糖体数据库127

四、5S核糖体RNA数据库128

五、欧洲核糖体RNA大亚基数据库132

六、欧洲核糖体RNA小亚基数据库133

七、tmRDB——tmRNA数据库135

八、RNAi数据库138

第五节 核酸突变类数据库140

一、HGVbase——SNPs及其他基因多态性的数据库140

二、dbSNP——单核苷酸多态性数据库143

第四章蛋白质相关数据库148

第一节 通用蛋白质数据库148

一、SWISS-PROT/TrEMBL——蛋白质数据库148

二、PIR——蛋白质信息资源库153

一、AAindex——氨基酸索引数据库158

第二节 蛋白质序列与结构数据库158

二、PRINTS——蛋白家族指纹数据库160

三、PDB——蛋白质数据库165

四、RESID——蛋白质结构修饰数据库173

五、MMDB——Entrez的蛋白三维结构数据库177

六、ASTRAL——蛋白质结构和序列分析体系180

第三节 蛋白质家族及其相互作用数据库184

一、COGs——直系同源蛋白簇数据库184

二、Pfam——蛋白质家族数据库191

三、ProClass与iProClass——蛋白质家族数据库193

四、ProDom和ProDom-CG——蛋白质结构域和全基因组比较与分析数据库196

第四节 酶类数据库198

一、ENZYME——酶数据库198

二、MEROPS——肽酶数据库201

三、REBASE——限制性内切酶和甲基化酶数据库206

四、AARSDB——氨基酰－tRNA合成酶数据库211

第五节 信号传导及分子间相互作用数据库214

一、tGRAP——G－蛋白偶联受体变异数据库214

二、SRPDB——信号识别粒子数据库217

三、SENTRA——信号传导蛋白数据库220

四、DIP——蛋白质交互作用数据库225

五、KEGG——全基因组及代谢途径数据库230

六、dbCSP——细胞因子信号途径数据库237

七、SPAD——细胞外信号传导通路数据库240

八、LIGAND——生物反应及反应物的数据库242

第六节 特殊蛋白质及其功能数据库245

一、InBase——Intein数据库245

二、HUGE——巨蛋白数据库247

三、HDB——组蛋白数据库251

四、LGICdb——配体门控离子通道数据库253

五、生物活性多肽数据库255

第五章 细胞生物学数据库258

第一节 线粒体类数据库258

一、MitBASE——线粒体DNA数据库258

二、MitoNuc——编码线粒体蛋白的基因数据库263

三、MITOP——线粒体蛋白组数据库266

第二节 SCDb——干细胞数据库269

第一节 EMGLib—增强的微生物基因组文库273

第六章微生物学数据库273

第二节 EcoCyc MetaCyc——E.coli基因组及微生物代谢通路数据库277

第三节 yMGV——全球酵母微阵列Microarray实验数据库283

第七章疾病相关数据库292

第一节 综合临床数据库292

一、NCBI疾病基因数据库292

二、GeneCards——基因卡片297

三、Medic8——医疗资源数据库300

一、GDB——遗传性疾病数据库302

第二节 遗传性疾病数据库302

二、GeneDis——人类遗传性疾病数据库306

第三节 肿瘤相关数据库308

一、Cancer.gov——肿瘤网308

二、CGAP——肿瘤基因组解剖工程322

三、FaCD——家族性肿瘤数据库327

第四节 心血管疾病相关数据库329

一、Cardio——心血管疾病相关生物医学数据库329

二、HEART-2DPAGE——人类心肌蛋白二维电泳数据库332

三、HDP CDM——心脏疾病计划及临床决策支持系统336

四、Global Cardiovascular Infobase——全球心血管疾病流行病信息库339

五、HeartNet——心血管流行病资料340

第五节 免疫性疾病数据库344

一、FIMM——免疫功能分子数据库344

二、IDR——免疫缺陷资源库347

第八章 药物相关数据库350

第一节 药物类数据库350

一、CDER——FDA药品评审与研究中心350

二、Nurses s PDR——临床药典352

三、Drugs——药物和疾病数据库354

四、CVD-HM——心血管疾病相关植物药数据库356

第二节 新药数据库358

一、Virtual drugstore虚拟药店358

第九章其他数据库362

第一节 LocusLink与RefSeq——NCBI的基因核心资源362

第二节 GeneNet——基因网络的结构与功能组织数据库364

第三节 ELS——生命科学百科全书369

附录一 生物医学相关数据库集锦373

附录二 分子生物学数据库集锦404