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第一章 小核酸药物的研发1

1 小核酸药物1

1.1 反义寡核苷酸1

1.2 三链DNA技术2

1.3 CpG寡核苷酸2

1.4 Aptamer技术3

1.5 Decoy技术3

1.6 核酶4

1.7 siRNA药物5

1.8 microRNA药物5

2 小核酸药物研发6

2.1 小核酸药物的研究阶段7

2.2 小核酸药物的开发和产业化阶段7

2.3 小核酸药物的商业化阶段8

3 生物技术药物产业化8

参考文献9

第二章 反义寡核苷酸药物开发技术12

1 引言12

2 反义寡核苷酸的作用机理13

2.1 水解靶标mRNA13

2.2 调节前体mRNA的剪接14

2.3 阻断蛋白质的翻译15

2.4 切除mRNA5’端帽子结构16

2.5 调节mRNA多聚腺苷酸化位点17

3 反义寡核苷酸的化学修饰18

3.1 寡核苷酸化学修饰的种类18

3.2 寡核苷酸药物化学修饰的应用和创新24

4 反义寡核苷酸的药物传递24

4.1 脂质体介导的递送方法25

4.2 特异受体的配体导向递送方法26

4.3 纳米粒介导的递送方法27

5 反义寡核苷酸的应用27

5.1 利用反义寡核苷酸研究基因功能27

5.2 反义寡核苷酸在肿瘤治疗中的应用32

6 反义寡核苷酸药物开发现状34

参考文献38

第三章 三链核酸41

1 三链DNA的结构41

2 三链DNA的设计与合成44

3 三链DNA的应用45

3.1 顺向嘧啶（TC）寡核苷酸的识别效应46

3.2 反向嘌呤（G、GA、GT）寡核苷酸的识别效应46

3.3 识别TA断点的寡核苷酸48

3.4 识别CG和TA断点同时存在的寡核苷酸49

3.5 前景及预测50

参考文献50

第四章 CpG寡核苷酸与免疫调节52

1 CpG结构特征53

2 CpG ODN的免疫学活性54

3 CpG ODN的应用55

3.1 CpG ODN抗肿瘤的研究55

3.2 CpG ODN抗感染的研究56

3.3 CpG ODN作为疫苗佐剂的研究57

3.4 前景与问题58

参考文献58

第五章 Aptamer技术61

1 适配子的筛选61

1.1 SELEX技术的基本原理和过程61

1.2 SELEX技术的特点63

1.3 SELEX技术的完善63

2 适配子的特点64

2.1 适配子的优点64

2.2 适配子与抗体65

3 适配子在治疗方面的应用66

3.1 抗凝血66

3.2 抑制血管生成68

3.3 免疫调节68

3.4 抗病毒70

3.5 炎症治疗70

3.6 抑制增殖71

4 适配子在肿瘤学方面的应用72

4.1 肿瘤诊断72

4.2 肿瘤治疗73

5 适配子在其他方面的应用75

5.1 生物传感器75

5.2 适配子技术与纳米技术的结合76

5.3 适配子在环境毒理学中的应用77

5.4 小结78

参考文献79

第六章 Decoy技术83

1 转录因子decoy策略的概念及作用原理83

2 转录因子decoy的化学修饰84

3 转录因子decoy的优点84

4 转录因子decoy的应用进展84

4.1 E2F decoy85

4.2 NF-kappaB decoy86

4.3 AP-1 decoy88

4.4 STAT3 decoy89

4.5 CRE-decoy90

4.6 Sp1-decoy91

4.7 Egr-1 decoy91

5 Decoy技术应用前景及存在的主要问题92

参考文献92

第七章 核酶98

1 核酶99

1.1 Ⅰ型内含子99

1.2 Ⅱ型内含子102

1.3 RNase P105

1.4 锤头型核酶107

1.5 发夹型核酶110

1.6 HDV核酶111

1.7 VS核酶112

2 核酶的应用114

2.1 抗肿瘤血管生成114

2.2 AIDS的治疗116

2.3 病毒性肝炎基因治疗研究123

2.4 小结123

参考文献124

第八章 siRNA药物开发技术132

1 siRNA的原理和作用机制132

1.1 RNAi的分子机制132

1.2 siRNA的设计原则133

1.3 siRNA的合成方法134

2 siRNA的应用136

2.1 基础医学136

2.2 siRNA在药物研究中的应用137

2.3 siRNA在临床医学研究中的应用139

2.4 前景及问题141

参考文献141

第九章 microRNA药物开发技术144

1 microRNA的生物合成和作用机制145

1.1 microRNA的生物合成145

1.2 microRNA的作用机制146

2 microRNA在疾病发生中的作用146

2.1 microRNA与肿瘤148

2.2 microRNA与其他疾病151

3 microRNA在疾病治疗中的应用152

3.1 高表达的microRNA与疾病的治疗153

3.2 低表达的microRNA与疾病的治疗155

4 microRNA核酸药物的应用前景及存在的主要问题156

参考文献156

第十章 生物芯片技术在药物开发中的应用163

1 生物芯片的概念163

1.1 基因芯片164

1.2 蛋白质芯片165

1.3 组织芯片165

1.4 芯片实验室166

2 生物芯片技术在药物开发中的应用167

2.1 基因芯片技术的应用167

2.2 蛋白质芯片在药物开发中的作用172

2.3 组织芯片在药物开发中的作用176

2.4 芯片实验室在药物开发中的作用176

3 结语178

参考文献178

第十一章 蛋白质组学与药物开发180

1 蛋白质组学180

2 蛋白质组学简介180

2.1 蛋白质组学产生的科学背景180

2.2 蛋白质组学的概念181

2.3 国际蛋白质组学计划185

2.4 中国的肝脏蛋白质组计划186

3 蛋白质组学的研究内容187

3.1 研究内容188

3.2 研究方法188

3.3 研究技术189

4 蛋白质组学的应用及意义191

4.1 蛋白质组学的应用191

4.2 蛋白质组研究的意义195

5 蛋白质组学发展现状趋势与展望197

5.1 趋势与展望197

5.2 中国蛋白质组学的现状与趋势199

参考文献199

第十二章 代谢组学与药物开发202

1 代谢组与代谢组学定义202

2 代谢组学与基因组学、转录组学和蛋白质组学203

3 代谢组学的研究方法204

4 代谢组学分析技术205

4.1 核磁共振技术205

4.2 色谱与质谱联用技术206

4.3 色谱-核磁-质谱联仪法208

4.4 代谢组数据分析208

5 代谢组学在医药研究中的应用209

5.1 在功能基因组研究中的应用209

5.2 在疾病诊断研究中的应用210

5.3 在药物研发中的应用210

5.4 在中医药研究中的应用211

5.5 展望212

参考文献212

第十三章 生物信息学与药物开发214

1 生物信息学简介214

1.1 历史背景214

1.2 研究范围219

1.3 生物数据库223

2 生物信息与医药应用233

2.1 生物靶标233

2.2 通路与网络236

2.3 生物信息综合分析应用239

2.4 药物开发241

参考文献242

第十四章 系统生物学在药物开发和中医药现代化中的作用245

1 系统生物学246

1.1 系统生物学思维方法246

1.2 系统生物学的基本工作流程246

1.3 系统生物学的基本特点248

2 系统生物学与药物开发250

2.1 实验方法251

2.2 数据分析和途径信息学251

2.3 文献挖掘251

2.4 数学建模252

3 系统生物学与中医药现代化252

3.1 中医理论与系统生物学的共同语言252

3.2 系统生物学是中西医结合的创新平台255

3.3 系统生物学展望256

参考文献256