图书介绍
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- 岳俊杰，冯华，梁龙主编 著
- 出版社： 北京：化学工业出版社
- ISBN：9787122077554
- 出版时间：2010
- 标注页数：123页
- 文件大小：35MB
- 文件页数：135页
- 主题词：蛋白质－生物结构－实验－指南
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图书目录
第一章 蛋白质结构概述1
第一节 蛋白质的结构层次1
一、一级结构1
二、二级结构1
三、三级结构（折叠模式）2
四、四级结构2
第二节 蛋白质结构的测定方法2
一、X射线晶体学2
二、核磁共振4
三、结构分析的其他方法4
第三节 蛋白质结构预测的意义5
第二章 蛋白质二级结构预测7
第一节 蛋白质二级结构预测概述7
第二节 蛋白质二级结构预测实例8
第三章 利用同源模建法预测蛋白质结构10
第一节 同源模建的基本原理及基础10
第二节 同源模建预测蛋白质结构的基本步骤11
一、参考蛋白搜索11
二、确定结构保守区11
三、蛋白主链的模建11
四、侧链安装12
五、优化处理12
六、合理性检测12
第三节 利用SWISS-MODEL服务器进行蛋白质结构同源模建操作实例12
一、登录服务器，输入目标序列12
二、模建结果与分析13
第四节 利用Discovery Studio结构模拟系统进行同源模建操作实例15
一、识别模板，比对模板16
二、将模板进行比对19
三、将目标序列与模板比对23
四、使用MODELER构建目标序列的3D模型25
五、模型评估26
第四章 利用折叠模式识别法预测蛋白质结构32
第一节 折叠模式识别法的基本原理32
第二节 折叠模式识别法预测蛋白质结构的操作实例33
一、程序的安装33
二、Threader程序的运行33
三、结果分析34
四、过滤假阳性结果36
第五章 蛋白质分子对接技术37
第一节 蛋白质分子对接概述37
第二节 利用LibDock进行分子对接的基本操作方法及实例37
一、准备分子对接体系，执行分子对接计算38
二、分析对接结果43
第三节 利用Flexible Docking进行受体和配体柔性的分子对接实例46
一、准备对接的分子体系，完成分子对接计算46
二、分析配体对接结果49
第四节 利用AutoDock程序进行分子对接的操作及研究实例50
一、AutoDock的安装50
二、AutoDock的基本应用52
三、实例分析68
第六章 蛋白质-蛋白质复合物的结构模拟70
第一节 蛋白质与蛋白质对接的意义70
第二节 利用ZDOCK来研究蛋白质-蛋白质的对接70
一、设定一次ZDOCK计算71
二、分析ZDOCK结果72
三、利用RDOCK优化对接构型75
四、使用RMSD分析结合界面的氨基酸76
第三节 利用Hex研究大分子与大分子之间的相互作用78
一、Hex的安装79
二、Hex的基本应用79
三、对接实例84
第七章 蛋白质结构的分子动力学模拟85
第一节 蛋白质分子动力学模拟概述85
第二节 Discovery Studio平台中分子动力学操作实例86
一、准备分子动力学体系，执行分子动力学计算86
二、分析分子动力学计算结果90
第三节 利用NAMD进行分子动力学计算的操作及研究实例95
一、NAMD简介95
二、NAMD程序的安装与使用95
三、构建模型97
四、分子动力学模拟102
五、可视化与数据处理108
第四节 利用GROMACS进行分子动力学模拟操作113
一、GROMACS介绍113
二、GROMACS的下载及安装113
三、GROMACS的基本操作114
本书主要参考文献123