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1 SHELXL&Peter Müller1

1.1 SHELX程序包1

1.1.1 SHELXTL和其他程序2

1.2 SHELXL4

1.2.1 程序组成4

1.2.2 指令文件name.ins5

1.2.3 衍射数据文件name.hkl5

1.2.4 SHELXL中的数据合并6

1.2.5 连通性表6

2 晶体结构精修&Peter Müller9

2.1 最小二乘精修10

2.1.1 精修应基于F还是F2——这会成为问题吗？11

2.2 弱数据点和高分辨率截断12

2.3 残差因子14

2.4 参数15

2.5 约束16

2.5.1 位置占有率因子16

2.5.2 特殊位置约束16

2.5.3 刚性基团约束16

2.5.4 浮动原点约束17

2.5.5 氢原子17

2.5.6 SHELXL中的约束用法18

2.6 限制18

2.6.1 几何限制19

2.6.2 位移参数的限制21

2.6.3 其他限制22

2.7 SHELXL中的自由变量24

2.8 结果25

2.8.1 键长和键角25

2.8.2 扭转角25

2.8.3 共面原子26

2.8.4 氢键26

2.8.5 RTAB指令26

2.8.6 MORE指令27

2.8.7 cif文件27

2.9 精修问题27

3 氢原子&Peter Müller29

3.1 氢原子的X—H键长和Ueq数值30

3.2 与不同类型原子成键的氢31

3.2.1 与碳原子成键的氢31

3.2.2 与氮或氧成键的氢31

3.2.3 与金属成键的氢32

3.3 在SHELXL中定位氢原子33

3.3.1 HFIX指令中最常用的m和n取值列表33

3.3.2 酸性氢原子的准自由精修34

3.4 SHELXL中的氢键信息35

3.5 示例35

3.5.1 常规氢原子定位操作：C31H54MoN2O235

3.5.2 Zr基氢化物中的氢原子38

3.5.3 酸性氢原子和氢键40

4 原子类型的指定&Peter Müller45

4.1 电子皆“蓝色”45

4.2 化学知识46

4.3 晶体学知识47

4.4 示例48

4.4.1 四联InCl3——N还是O？48

4.4.2 钴基化合物52

4.4.3 搞混的中心金属原子53

5 无序&Peter Müller59

5.1 无序类型61

5.1.1 置换无序61

5.1.2 位置无序61

5.1.3 混乱——一种特殊的无序62

5.2 无序的精修62

5.2.1 用SHELXL精修无序62

5.3 示例71

5.3.1 镓亚胺基硅酸盐——两乙基无序71

5.3.2 Ti（Ⅲ）基化合物的无序76

5.3.3 按占据无序处理的共晶82

5.3.4 溶剂分子无序84

5.3.5 结构中三种无序共存——环正聚四苯撑94

6 赝对称&Peter Müller101

6.1 全局赝对称性102

6.2 真正NCS103

6.3 示例103

6.3.1 Pn还是P21/n103

6.3.2 [Si(NH2)2CH(SiMe3)2]2:P？,Z=12108

7 孪晶&Regine Herbst-Irmer111

7.1 孪晶的定义111

7.2 孪晶的分类114

7.2.1 缺面孪晶114

7.2.2 赝缺面孪晶116

7.2.3 交错缺面孪晶117

7.2.4 非缺面孪晶119

7.3 孪晶检验123

7.4 结构解析124

7.5 孪晶精修125

7.6 绝对结构确定126

7.7 孪晶的警示127

7.8 示例128

7.8.1 缺面孪晶128

7.8.2 赝缺面孪晶的一个示例133

7.8.3 交错缺面孪晶的第一个示例136

7.8.4 交错缺面孪晶的第二个示例140

7.8.5 非缺面孪晶的第一个示例149

7.8.6 非缺面孪晶的第二个示例154

7.9 结论161

8 赝像&Peter Müller163

8.1 什么是赝像？164

8.1.1 振动164

8.1.2 缩短的三重键166

8.1.3 氢原子位置166

8.1.4 傅里叶截断误差166

8.2 什么是非赝像？167

8.3 示例168

8.3.1 C30H47N9Zr5中的傅里叶截断误差168

9 结构验证&Anthony L.Spek173

9.1 验证174

9.2 PLATON有效性测试175

9.2.1 对称缺失175

9.2.2 孔隙176

9.2.3 位移椭球176

9.2.4 键长和键角177

9.2.5 原子类型指定177

9.2.6 分子间接触177

9.2.7 氢键177

9.2.8 连通性178

9.2.9 无序178

9.2.10 衍射数据178

9.2.11 精修参数结果179

9.3 何时开始验证？179

9.4 结束语179

10 蛋白质精修&Thomas R.Schneider181

10.1 原子分辨率精修与标准精修的对比183

10.1.1 各向异性位移参数183

10.1.2 多离散位置184

10.1.3 氢原子185

10.1.4 溶剂185

10.1.5 标准不确定度186

10.2 典型的精修步骤186

10.2.1 起步186

10.2.2 1.5？分辨率模型的粗调188

10.2.3 导入原子分辨率数据189

10.2.4 开始各向异性精修189

10.2.5 原子分辨率水平的模型改造189

10.2.6 涉及氢原子的时机与操作193

10.2.7 溶剂194

10.2.8 完善模型195

10.2.9 坐标不确定度估计197

10.2.10 结构的分析与显示198

10.3 示例199

10.3.1 蛋白质精修的典型过程199

10.3.2 确定蛋白质-配体接触性质的标准不确定度201

11 蛋白质结构的（交叉）验证&Michael R.Sawaya203

11.1 PROCHECK205

11.2 WHAT_CHECK208

11.2.1 紧密非成键接触列表208

11.2.2 欠妥的氢键给体受体209

11.2.3 孤立水分子列表210

11.3 Verify3D210

11.4 Errat211

11.5 Prove212

12 总论&Peter Müller215

12.1 循环精修需要多少次？215

12.2 如何处理NPD原子？216

12.3 某个结构中可以使用多少限制？217

12.4 一些阳离子的配位几何218

12.5 一些典型的键长219

12.6 分辨率表220

参考文献223

进阶读物229

索引231

光盘文件勘误说明239